ในช่วงฤดูร้อนปี 2012 ฟาน เพอร์ซี ทำให้แฟนบอลอาร์เซนอลตะลึงด้วยการย้ายไปร่วมทีม แมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด ด้วยค่าตัว 24 ล้านปอนด์ การย้ายทีมครั้งนี้ได้รับการพิสูจน์แล้วว่าเป็นฝีมือของทั้งนักเตะและสโมสร เนื่องจากการทำประตูของฟาน เพอร์ซีช่วยให้ยูไนเต็ดคว้าแชมป์พรีเมียร์ลีกในฤดูกาลแรกของเขากับสโมสร ฟาน เพอร์ซีจบฤดูกาลในฐานะผู้ทำประตูสูงสุดของลีกอีกครั้งด้วยจำนวน 26 ประตู และได้รับการเสนอชื่อให้เป็นผู้เล่นยอดเยี่ยมแห่งปีของ PFA เป็นครั้งที่สองในอาชีพของเขา